Bioinformatico

Berne, 80 - 100 %

*L'interdisciplinare Clinical Genomics Lab (http://www.cgl.insel.ch) riunisce la diagnostica genomica e citogenetica in genetica umana, ematologia e chimica clinica presso l'Inselspital, Bern University Hospital, nonché presso l'Institute of Tissue Medicine and Pathology dell'Università di Bern. Utilizzando tecnologie all'avanguardia, investigiamo malattie ereditarie, alterazioni genetiche nelle cellule cancerose e risposte ai farmaci.

Per rafforzare il nostro team, siamo alla ricerca di un bioinformatico motivato e desideroso di imparare. Lavorando a stretto contatto con specialisti di varie discipline, contribuirai alla diagnostica clinica di routine tramite next-generation sequencing (NGS), nonché allo sviluppo e all'implementazione di nuovi metodi analitici. Assumerai progressivamente la responsabilità dello sviluppo, della validazione, della manutenzione e del miglioramento continuo dei workflow NGS clinici.*

Cosa puoi aspettarti ##

• Sviluppo, validazione, manutenzione e risoluzione dei problemi dei workflow NGS clinici per pannelli mirati, WES e WGS - dal variant calling e l'annotazione al controllo di qualità e al trasferimento dei dati
• Automazione e ottimizzazione di workflow bioinformatici riproducibili utilizzando script, sistemi di gestione dei workflow e ambienti containerizzati
• Sviluppo e manutenzione di database, metriche di qualità e strumenti di monitoraggio per le prestazioni di sequenziamento, i workflow e i metadati
• Ulteriore sviluppo di applicazioni e interfacce utente che facilitano l'accesso ai dati di sequenziamento, alle metriche di qualità e alle annotazioni delle varianti
• Integrazione e ottimizzazione dei workflow di laboratorio in sLIMS e garanzia dello scambio di dati tra sistemi di laboratorio, strumenti e pipeline bioinformatiche in stretta collaborazione interdisciplinare

Il tuo Profilo ##

• Laurea magistrale in Bioinformatica, Biologia Computazionale, Informatica o un campo correlato, o esperienza pratica equivalente
• Buona conoscenza pratica di Python, Linux e shell scripting, nonché una comprensione di base del sequenziamento ad alto rendimento e dei relativi workflow di analisi
• Apprezzamento per le sfide tecniche complesse e un modo di lavorare strutturato, affidabile e indipendente
• Desiderio di imparare e motivazione ad approfondire la propria competenza nella bioinformatica clinica e nell'ingegneria dei workflow NGS
• Buone capacità comunicative e di lavoro di squadra, nonché buona conoscenza del tedesco e dell'inglese
• Un vantaggio: esperienza con SQL, Nextflow, Snakemake, ambienti HPC, strumenti di analisi NGS, Java o Groovy, workflow di diagnostica clinica, Docker o Singularity

Cosa offriamo ##

• Un lavoro significativo che contribuisce direttamente alla cura del paziente nel crescente campo della medicina di precisione
• L'opportunità di lavorare con tecnologie all'avanguardia in un ambiente clinico professionale con elevati standard di qualità
• Un team interdisciplinare e dinamico con una cultura aperta e collaborativa
• Onboarding strutturato, guida professionale e opportunità di contribuire con nuove idee e di svilupparsi personalmente e professionalmente

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Location Inselspital, Universitätsspital

Organisation

Clinical Genomics Lab, Medical division cross-sectional service provider

Workload

80 - 100 %

Start

Disponibile immediatamente o su accordo

Reference

19581

Type of Contract

Impiego a tempo indeterminato

Work Location

Inselspital, Universitätsspital Bern
Freiburgstrasse, CH-3010 Bern
Schweiz