Bioinformatiker

Berne, 80 - 100 %

*Das interdisziplinäre Clinical Genomics Lab (http://www.cgl.insel.ch) vereint die genomische und zytogenetische Diagnostik in der Humangenetik, Hämatologie und klinischen Chemie am Inselspital, Bern University Hospital, sowie am Institut für Gewebemedizin und Pathologie der Universität Bern. Unter Einsatz modernster Technologien untersuchen wir Erbkrankheiten, genetische Veränderungen in Krebszellen und Reaktionen auf Medikamente.

Zur Verstärkung unseres Teams suchen wir einen motivierten Bioinformatiker, der lernbereit ist. In enger Zusammenarbeit mit Spezialisten aus verschiedenen Disziplinen tragen Sie zur routinemässigen Next-Generation Sequencing (NGS) klinischen Diagnostik sowie zur Entwicklung und Implementierung neuer Analysemethoden bei. Sie werden schrittweise Verantwortung für die Entwicklung, Validierung, Wartung und kontinuierliche Verbesserung von klinischen NGS-Workflows übernehmen.*

Was Sie erwartet ##

• Entwicklung, Validierung, Wartung und Fehlerbehebung von klinischen NGS-Workflows für gezielte Panels, WES und WGS – von der Variant Calling und Annotation bis zur Qualitätskontrolle und zum Datentransfer
• Automatisierung und Optimierung von reproduzierbaren Bioinformatik-Workflows unter Verwendung von Skripten, Workflow-Management-Systemen und containerisierten Umgebungen
• Entwicklung und Wartung von Datenbanken, Qualitätsmetriken und Monitoring-Tools für die Sequenzierleistung, Workflows und Metadaten
• Weiterentwicklung von Anwendungen und Benutzeroberflächen, die den Zugang zu Sequenzierdaten, Qualitätsmetriken und Variantenannotationen erleichtern
• Integration und Optimierung von Labor-Workflows in sLIMS und Sicherstellung des Datenaustauschs zwischen Laborsystemen, Instrumenten und Bioinformatik-Pipelines in enger interdisziplinärer Zusammenarbeit

Ihr Profil ##

• Master-Abschluss in Bioinformatik, Computational Biology, Informatik oder einem verwandten Bereich, oder gleichwertige praktische Erfahrung
• Gute praktische Kenntnisse in Python, Linux und Shell-Scripting sowie ein grundlegendes Verständnis von High-Throughput-Sequenzierung und den damit verbundenen Analyse-Workflows
• Freude an komplexen technischen Herausforderungen und eine strukturierte, zuverlässige und eigenständige Arbeitsweise
• Lernbereitschaft und Motivation, Ihre Expertise in der klinischen Bioinformatik und im NGS-Workflow-Engineering weiterzuentwickeln
• Gute Kommunikations- und Teamfähigkeit sowie gute Deutsch- und Englischkenntnisse
• Ein Vorteil: Erfahrung mit SQL, Nextflow, Snakemake, HPC-Umgebungen, NGS-Analysetools, Java oder Groovy, klinischen diagnostischen Workflows, Docker oder Singularity

Was wir bieten ##

• Sinnstiftende Arbeit, die direkt zur Patientenversorgung im wachsenden Bereich der Präzisionsmedizin beiträgt
• Die Möglichkeit, mit modernsten Technologien in einem professionellen klinischen Umfeld mit hohen Qualitätsstandards zu arbeiten
• Ein interdisziplinäres und dynamisches Team mit einer offenen und kollaborativen Kultur
• Strukturiertes Onboarding, fachliche Anleitung und Möglichkeiten, neue Ideen einzubringen sowie sich persönlich und beruflich weiterzuentwickeln

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Standort Inselspital, Universitätsspital

Organisation

Clinical Genomics Lab, Medical division cross-sectional service provider

Arbeitspensum

80 - 100 %

Start

Ab sofort oder nach Vereinbarung

Referenz

19581

Vertragsart

Unbefristete Anstellung

Arbeitsort

Inselspital, Universitätsspital Bern
Freiburgstrasse, CH-3010 Bern
Schweiz