Bioinformatico:a

Bern, 80 - 100 %

*Il Clinical Genomics Lab interdisciplinare (http://www.cgl.insel.ch) unisce la diagnostica di laboratorio genomica e citogenetica della genetica umana, ematologia e chimica clinica dell'Inselspital, nonché dell'Istituto di medicina tissutale e patologia dell'Università di Bern. Utilizzando tecnologie all'avanguardia, studiamo tra le altre cose malattie ereditarie, alterazioni genetiche nelle cellule cancerose e l'effetto dei farmaci.

Per rafforzare il nostro team cerchiamo un/una Bioinformatico:a motivato:a e desideroso/a di apprendere. In stretta collaborazione con diverse discipline specialistiche, collaborerà alla diagnostica di routine clinica del sequenziamento ad alto rendimento (NGS) così come allo sviluppo e all'introduzione di nuove analisi. In questo contesto, assumerà gradualmente la responsabilità dello sviluppo, della validazione, della manutenzione e del miglioramento continuo dei workflow clinici NGS.*

Cosa vi aspetta ##

• Sviluppo, validazione, manutenzione e risoluzione dei problemi nei workflow clinici NGS per panel, WES e WGS - dal variant calling e annotazione al controllo di qualità e al trasferimento dei dati
• Automazione e ottimizzazione di workflow bioinformatici riproducibili utilizzando script, sistemi di gestione dei workflow e ambienti containerizzati
• Sviluppo e manutenzione di database, indicatori di qualità e strumenti di monitoraggio per le prestazioni di sequenziamento, i workflow e i metadati
• Ulteriore sviluppo di applicazioni e interfacce utente per un facile accesso ai dati di sequenziamento, agli indicatori di qualità e alle annotazioni delle varianti
• Integrazione e ottimizzazione dei workflow di laboratorio in sLIMS, nonché garanzia dello scambio di dati tra sistemi di laboratorio, dispositivi e pipeline bioinformatiche in stretta collaborazione interdisciplinare

Cosa portate con voi ##

• Laurea magistrale in bioinformatica, biologia computazionale, informatica o in un campo correlato o esperienza pratica equivalente
• Buone conoscenze pratiche in Python, Linux e shell-scripting, nonché una comprensione fondamentale del sequenziamento ad alto rendimento e dei relativi workflow di analisi
• Piacere per questioni tecniche complesse e un modo di lavorare strutturato, affidabile e indipendente
• Propensione all'apprendimento e motivazione a svilupparsi professionalmente gradualmente nella bioinformatica clinica e nell'ingegneria dei workflow NGS
• Buone capacità comunicative e di team, nonché buone conoscenze di tedesco e inglese
• Di vantaggio: esperienza con SQL, Nextflow, Snakemake, ambienti HPC, strumenti di analisi NGS, Java o Groovy, processi clinico-diagnostici, nonché Docker o Singularity

La nostra offerta ##

• Attività significativa con contributo diretto all'assistenza dei pazienti nel settore in crescita della medicina di precisione
• Lavoro con tecnologie all'avanguardia in un ambiente clinico professionale con elevati standard di qualità
• Team interdisciplinare e dinamico con collaborazione aperta e cooperativa
• Inserimento strutturato, accompagnamento professionale e spazio per nuove idee e sviluppo personale

Informazioni sul posto di lavoro ##

Sede Inselspital, Universitätsspital

Organizzazione

Medizinbereich Querschnittsfächer

Settore Clinical Genomics Lab

Percentuale di lavoro

80 - 100 %

Inizio

immediato o secondo accordi

Codice identificativo

19581

Tipo di contratto

a tempo indeterminato

Luogo di lavoro

Inselspital, Universitätsspital Bern
Freiburgstrasse, CH-3010 Bern
Svizzera