Bioinformaticien·ne

Berne, 80 - 100 %

*Le Clinical Genomics Lab (http://www.cgl.insel.ch) interdisciplinaire réunit le diagnostic de laboratoire génomique et cytogénétique de la génétique humaine, de l'hématologie et de la chimie clinique de l'Inselspital ainsi que de l'Institut de médecine tissulaire et de pathologie de l'Université de Berne. Avec des technologies de pointe, nous étudions, entre autres, les maladies héréditaires, les modifications génétiques dans les cellules cancéreuses et l'effet des médicaments.

Afin de renforcer notre équipe, nous recherchons un·e bioinformaticien·ne motivé·e et désireux·se d'apprendre. En étroite collaboration avec diverses disciplines spécialisées, vous participez au diagnostic de routine clinique du séquençage à haut débit (NGS) ainsi qu'au développement et à l'introduction de nouvelles analyses. Dans ce cadre, vous assumerez progressivement la responsabilité du développement, de la validation, de la maintenance et de l'amélioration continue des workflows NGS cliniques.*

Ce qui vous attend ##

• Développement, validation, maintenance et dépannage de workflows NGS cliniques pour les panels, WES et WGS - de l'appel de variants (variant calling) et de l'annotation au contrôle de la qualité et au transfert de données
• Automatisation et optimisation de workflows bioinformatiques reproductibles à l'aide de scripts, de systèmes de gestion de workflows et d'environnements conteneurisés
• Développement et entretien de bases de données, d'indicateurs de qualité et d'outils de surveillance pour les performances de séquençage, les workflows et les métadonnées
• Développement d'applications et d'interfaces utilisateur pour un accès facile aux données de séquençage, aux indicateurs de qualité et aux annotations de variants
• Intégration et optimisation des workflows de laboratoire dans le sLIMS ainsi que garantie de l'échange de données entre les systèmes de laboratoire, les appareils et les pipelines bioinformatiques dans le cadre d'une étroite collaboration interdisciplinaire

Ce que vous apportez ##

• Master en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou un domaine connexe, ou une expérience pratique équivalente
• Bonnes connaissances pratiques en Python, Linux et scripting Shell ainsi qu'une compréhension fondamentale du séquençage à haut débit et des workflows d'analyse associés
• Plaisir pour les questions techniques complexes ainsi qu'une méthode de travail structurée, fiable et autonome
• Volonté d'apprendre et motivation à se perfectionner progressivement sur le plan professionnel dans la bioinformatique clinique et l'ingénierie de workflows NGS
• Bonnes capacités de communication et de travail en équipe ainsi que de bonnes connaissances en allemand et en anglais
• Atout : expérience avec SQL, Nextflow, Snakemake, environnements HPC, outils d'analyse NGS, Java ou Groovy, processus de diagnostic clinique ainsi que Docker ou Singularity

Notre offre ##

• Activité porteuse de sens avec une contribution directe aux soins des patients dans le domaine croissant de la médecine de précision
• Travail avec des technologies de pointe dans un environnement clinique professionnel avec des normes de qualité élevées
• Équipe interdisciplinaire et dynamique avec une collaboration ouverte et coopérative
• Introduction structurée, accompagnement professionnel et espace pour de nouvelles idées ainsi que le développement personnel

Informations sur le poste ##

Lieu Inselspital, Universitätsspital

Organisation

Medizinbereich Querschnittsfächer

Secteur Clinical Genomics Lab

Taux d'occupation

80 - 100 %

Entrée

immédiate ou à convenir

Numéro de référence

19581

Type de contrat

indéterminé

Lieu de travail

Inselspital, Universitätsspital Bern
Freiburgstrasse, CH-3010 Berne
Suisse