Bioinformaticien·ne

Le Clinical Genomics Lab interdisciplinaire (http://www.cgl.insel.ch (http://www.cgl.insel.ch/)) réunit le diagnostic de laboratoire génomique et cytogénétique de la génétique humaine, de l'hématologie et de la chimie clinique de l'Inselspital ainsi que de l'Institut de médecine tissulaire et de pathologie de l'Université de Berne. Avec des technologies de pointe, nous étudions, entre autres, les maladies héréditaires, les modifications génétiques dans les cellules cancéreuses et l'effet des médicaments.

Pour renforcer notre équipe, nous recherchons un·e bioinformaticien·ne motivé·e et avide d'apprendre. En étroite collaboration avec différentes disciplines spécialisées, vous participerez au diagnostic de routine clinique du séquençage à haut débit (NGS) ainsi qu'au développement et à l'introduction de nouvelles analyses. À ce titre, vous assumerez progressivement la responsabilité du développement, de la validation, de la maintenance et de l'amélioration continue des workflows NGS cliniques.

Ce qui vous attend

• Développement, validation, maintenance et dépannage de workflows NGS cliniques pour les panels, WES et WGS -- du variant calling et de l'annotation au contrôle de la qualité et au transfert de données
• Automatisation et optimisation de workflows bioinformatiques reproductibles à l'aide de scripts, de systèmes de gestion de workflow et d'environnements conteneurisés
• Développement et entretien de bases de données, d'indicateurs de qualité et d'outils de surveillance pour la performance de séquençage, les workflows et les métadonnées
• Développement continu d'applications et d'interfaces utilisateur pour un accès facile aux données de séquençage, aux indicateurs de qualité et aux annotations de variants
• Intégration et optimisation des workflows de laboratoire dans sLIMS ainsi que garantie de l'échange de données entre les systèmes de laboratoire, les appareils et les pipelines bioinformatiques dans une étroite collaboration interdisciplinaire

Ce que vous apportez

• Master en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique ou un domaine connexe, ou une expérience pratique équivalente
• Bonnes connaissances pratiques en Python, Linux et shell-scripting ainsi qu'une compréhension fondamentale du séquençage à haut débit et des workflows d'analyse associés
• Plaisir pour les questions techniques complexes ainsi qu'une méthode de travail structurée, fiable et autonome
• Volonté d'apprendre et motivation à se perfectionner progressivement sur le plan professionnel dans la bioinformatique clinique et l'ingénierie de workflows NGS
• Bonnes capacités de communication et de travail en équipe ainsi que de bonnes connaissances en allemand et en anglais
• Atout : expérience avec SQL, Nextflow, Snakemake, environnements HPC, outils d'analyse NGS, Java ou Groovy, processus cliniques de diagnostic ainsi que Docker ou Singularity

Notre offre

• Activité porteuse de sens avec une contribution directe aux soins des patients dans le domaine croissant de la médecine de précision
• Travail avec les technologies les plus modernes dans un environnement clinique professionnel avec des normes de qualité élevées
• Équipe interdisciplinaire et dynamique avec une collaboration ouverte et coopérative
• Introduction structurée, accompagnement professionnel et espace pour de nouvelles idées ainsi que le développement personnel

Des questions sur le poste ?

Pour de plus amples informations, veuillez contacter

Ursula Amstutz
Responsable CGL

+41 31 63 2 74 70