Laboratory Manager

Laboratory Manager # 100%, Basel, fixed-term #### print Drucken  Il Quake Laboratory verrà istituito presso l'ETH Zürich nel 2026 da Stephen Quake, che si trasferisce dalla Stanford University. Il laboratorio lavora all'interfaccia tra fisica, ingegneria e biologia, sviluppando nuovi approcci di misurazione e modellazione che trasformano ciò che è possibile apprendere dalle singole cellule e da minime quantità di materiale molecolare. Tre principali programmi di ricerca correranno in parallelo: (1) ricostruire l'architettura regolatoria di E. coli ad alta risoluzione come base per modelli predittivi della regolazione genica; (2) costruire atlanti single-cell su larga scala di tessuti umani e di organismi modello - incluso un atlante del sistema nervoso autonomo umano unico nel suo genere - e addestrare modelli AI/foundation su tali atlanti per interrogare la biologia dell'invecchiamento e l'evoluzione della multicellularità; e (3) far avanzare gli approcci di biopsia liquida che leggono gli acidi nucleici cell-free dal sangue per rilevare malattie e monitorare la fisiologia in collaborazione con partner esterni. Il laboratorio sarà un ambiente multidisciplinare di circa 10 persone che comprendono biologi molecolari, biochimici, biologi computazionali, ricercatori in machine learning, fisici e ingegneri, con collaborazioni attive presso ETH, EPFL, l'Università di Zürich e a livello internazionale. Contesto del progetto ## Il Laboratory Manager è la spina dorsale operativa del gruppo. Gestirà il funzionamento quotidiano di un complesso wet lab multi-modale - dalla biologia molecolare batterica al processamento di campioni clinici umani, fino al sequenziamento high-throughput - fungendo al contempo da senior bench scientist, formatore e consulente fidato del PI su tutto ciò che permette a un gruppo di ricerca produttivo di funzionare. Questo ruolo è ideale per un ricercatore scientifico esperto che ama lavorare su molteplici sistemi biologici, costruire infrastrutture, fare da mentore a colleghi meno esperti e trarre orgoglio dall'eccellenza operativa. Non ci si aspetterà che guidi un programma di ricerca indipendente separato; piuttosto, permetterai e accelererai quello di tutti gli altri. In cambio, sarai un contributore principale e nominato in scienza ambiziosa, con una voce autentica su come viene costruito il laboratorio. Descrizione del lavoro ## Operazioni di laboratorio e infrastruttura • Guidare l'implementazione e la gestione continua delle strutture wet-bench del laboratorio presso l'ETH, inclusa la selezione delle attrezzature, l'installazione, la qualifica e i contratti di manutenzione ordinaria • Stabilire e mantenere risorse condivise: sale di coltura cellulare, aree BSL-2, zone di preparazione per il sequenziamento, stoccaggio a -80 °C e azoto liquido, autoclavi, scorte comuni di reagenti e calendari degli strumenti • Gestire gli ordini, le relazioni con i fornitori, la gestione dell'inventario e l'organizzazione del magazzino per consumabili e reagenti; negoziare accordi quadro dove utile • Mantenere e sottoporre ad audit le SOP principali, i sistemi di tracciamento dei campioni e le pratiche di notebook elettronico di laboratorio in tutto il gruppo • Fungere da interfaccia del laboratorio con le strutture core dell'ETH (ad es., Functional Genomics Center Zurich, ScopeM, Genome Engineering & Measurement Lab) e fornitori di servizi esterni Biologia molecolare batterica e biochimica - reguloma di E. coli • Gestire e supervisionare un pipeline di clonaggio molecolare per E. coli - progettazione e assemblaggio di plasmidi e costrutti integrati nel genoma, costruzione di ceppi e conservazione • Configurare e mantenere flussi di lavoro biochimici rilevanti per studi regolatori: espressione e purificazione proteica, trascrizione in vitro e biochimica quantitativa in base alle necessità dei progetti • Stabilire infrastrutture per la crescita microbica, l'induzione e il monitoraggio temporale, inclusi plate reader, sistemi di coltura continua e interfacce microfluidiche dove pertinente • Formare i nuovi membri del laboratorio in microbiologia fondamentale, tecniche sterili e genetica standard di E. coli; risolvere problemi di progetti di clonaggio ed espressione bloccati Biologia cellulare dei mammiferi e gestione dei tessuti - atlanti single-cell • Gestire e supervisionare la coltura cellulare di mammiferi (cellule primarie, cellule derivate da iPSC, linee stabilite), inclusa la preparazione dei terreni, l'autenticazione delle linee e la biobanca • Stabilire flussi di lavoro robusti per la dissociazione dei tessuti, la preparazione di sospensioni single-cell e single-nucleus, il sorting cellulare basato su FACS e la valutazione della qualità • Coordinare il pipeline di acquisizione dei tessuti con partner clinici e accademici - accordi sui biospecimen, documentazione della catena di custodia, logistica di fissazione e spedizione, gestione dei campioni approvata dall'etica Biopsia liquida e flussi di lavoro per acidi nucleici cell-free • Gestire e mantenere flussi di lavoro di estrazione di cfDNA e cfRNA a basso input • Implementare e perfezionare i protocolli di preparazione delle librerie cfNA (WGS a basso input, metilazione/EM-seq, fragmentomics, pannelli mirati, cfRNA-seq) e contribuire allo sviluppo di metodi per nuove modalità di saggio • Stabilire pratiche di gestione della qualità appropriate per campioni di grado clinico Sequenziamento high-throughput • Fungere da esperto senior del laboratorio per i flussi di lavoro di sequenziamento - inclusi QC delle librerie, pooling, bilanciamento e operazione degli strumenti o coordinamento con i fornitori • Stabilire dashboard di QC e criteri di accettazione per i vari tipi di librerie (bulk RNA-seq, single-cell RNA/ATAC, spaziale, cfDNA/cfRNA, microbico) • Coordinare con i membri del team computazionale i fogli dei campioni (sample sheets), il demultiplexing, il QC primario e la restituzione tempestiva di FASTQ e